Nach den Geschehnissen mit dem Klon wollte Jack erfahren, was in seiner Abwesenheit passiert war und wollte, dass Sam ihm das erzählen würde. Von Daniel erfuhr er, dass es für den Major nicht leicht war mit anzusehen, wie der jüngere ONeill sterben würde. Der Archäologe machte dem Colonel klar, dass die blonde Wissenschaftlerin ihn lieben würde. Dann als der Colonel mit dem Major in ihrem Labor sprach und sie berichtete, was in seiner Abwesenheit passiert war, erkannte sie, dass sie nicht mehr so weitermachen konnte. Ihre Gefühle zu ignorieren und sich den Regeln zu beugen. Kurzerhand entschied sie sich zu kündigen und ließ Jack im Labor zurück, der aber schnell erkannte, was sie vorhatte, die Wissenschaftlerin aber nicht mehr einholte. Diese war in den Aufzug geflüchtet, wo ihre Freundin Janet sie fand. Sie brachte Sam auf die Krankenstation, wo ihren Kummer ein wenig stillen konnte, sich aber, dem SG-1 Anführer gegenüber, zu schämen begann und sich vor ihm verstecken wollte. Am nächsten Tag suchte Jack vergebens nach ihr, um noch einmal mit ihr zu reden. Spät nachts traf er in der Kantine auf die schlafende Samantha. Dort in der leeren Kantine schaffte er es mit ihr zu reden, doch nachdem sich Beide geküsst hatten und ONeill ihr seine Liebe gestand, konnte die Wissenschaftlerin dies nicht erwidern. Ihr Verstand gewann die Oberhand und so lief sie davon. Am darauffolgenden Tag sollte eine Besprechung stattfinden, zu der der Colonel jedoch nicht erschien. Während Hammond in seinem Büro telefonierte, teilte der Major ihren Freunden, darunter auch Janet, mit, was in der Kantine passiert war. Als der General feststellte, dass Niemand Jack gesehen hatte und dieser auch nicht zu Hause war, schickte er die Ärztin und einen Soldaten zum Quartier des Colonels, wo sie eine erschreckende Entdeckung machten. ONeill hatte sich erschossen. Als die Anderen eintrafen traute Sam ihren Augen nicht und Janet erklärte dem General, dass Jack bereits seit mehr als 10 Stunden tot war. Er musste sich wohl gleich nach dem, nicht so erhofften, Gespräch mit Sam erschossen hatte. Ihr hatte er einen Brief hinterlassen und der Major erkannte, wie dumm sie doch gewesen ist.
Sie wollte ohne ihn nicht leben und plante auch sich mit Jacks Waffe zu erschießen, was jedoch nicht funktionierte. Die Waffe klemmte. Janet und Daniel fanden jedoch später heraus, dass die Waffe ein volles Magazin hatte und hätte funktionieren müssen. Die Beiden konnten jedoch nicht wissen, was sie von Jacks Geist, der in seinem Quartier gefangen war, verhinderte, dass sich die Wissenschaftlerin erschießt. Daniel und Tealc beschlossen, die Asgard, da sie in solchen Fällen eine gute Hilfe waren, um Hilfe zu bitten und begaben sich auf einen Planeten, um sie zu kontaktieren. In der Zwischenzeit übernachtete Sam im Quartier des Colonels, wo sie von ihm und dem Gespräch in der Kantine träumte. Dort lief es so, wie es sollte und noch einiges mehr. Nicht lange, da kehrten der Archäologe und der Jaffa mit guten Neuigkeiten zurück. Die Asgard hatten zugestimmt. So kam Thor ein paar Stunden später zur Erde und erklärte, dass ONeills Wiederherstellung viel Zeit in Anspruch nehmen würde, da dieser schon so lange tot sei. Einen Monat später stellte Janet fest, dass Sam schwanger sei, der Major jedoch überrascht erklärte, dass sie mit Niemandem geschlafen habe. Ihr fiel wieder der Traum ein und Beide schoben dies auf die Wunder des Universums. Noch am selben Tag kehrte auch ONeill, in alter Form, zurück und stellte mit erstaunen fest, dass er noch alles wusste, und sich sogar an seine Zeit als Geist erinnern konnte. Sam und Jack waren wieder vereint. Danach dauerte es nicht lange und die Regeln wurden, nach einem Gespräch Hammonds mit dem Präsidenten, für das SGC geändert. Der Major und der Colonel bekamen eine gesunde Tochter, die sie Samantha Joan ONeill und haben ein Jahr danach geheiratet. Um ihr Glück zu vervollständigen bekamen Beide, zwei Jahre nach ihrer Hochzeit, noch eine weitere Tochter und nannten sie Tamara.
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